רשלנות רפואית בצבא זהה בהגדרתה להגדרה האזרחית של רשלנות רפואית. התעלמות מתלונותיו של החייל, אי ביצוע מעקב רפואי, אי הפניה לבדיקות מתאימות, מתן טיפול לא מתאים או תרופה לא מתאימה ועוד, כל אלה, במידה שנגרם לחייל נזק, מהווים רשלנות  רפואית. אולם, בניגוד לאזרח שזכותו לתבוע מקרים של רשלנות רפואית בבתי המשפט האזרחיים [השלום והמחוזי], זכויות החיילים במקרים של רשלנות רפואית שונות.

מאחר שהחייל בתקופת שירותו הוא בעצם באחריות המדינה, לחיילים קיים חוק מיוחד הנקרא חוק הנכים (תגמולים ושיקום), תשי"ט-1959 [נוסח משולב], הקובע שאם חייל נפגע במהלך שירותו הצבאי הוא יכול לתבוע אך ורק לפי חוק זה. מאחר שהחייל, במהלך שירותו, מקבל את הטיפול הרפואי מגורמי הצבא, אז גם במידה שהוא נפגע מרשלנות רפואית אין לו למעשה תביעה בבית משפט אזרחי, אלא עליו לפנות בתביעה לקצין התגמולים במשרד הביטחון לפי חוק הנכים.

הפנייה לקצין התגמולים נעשית באמצעות סידרה של טפסים שאותם יש למלא. במקרה של פגיעה שהיא כתוצאה מרשלנות רפואית, חשוב מאוד למלא את הטפסים כך שהרשלנות הרפואית תשתקף מהם בצורה מובהקת, ושיהיה ברור שאכן גורמי הצבא התרשלו בטיפול הרפואי בחייל וכן יש ללמוד מהם שכתוצאה מכך נגרם לו הנזק עליו הוא מגיש את תביעתו.

חייל זכאי לייצוג של עורך דין כולל בתהליכים מול משרד הביטחון גם אם הוא נמצא עדיין במהלך שירותו הצבאי ולא רק לאחר שהשתחרר.

על מנת לנסות ולהפחית מקרים של רשלנות רפואית בצבא ואת התביעות בגינן, יש לזכור שהמערכת הצבאית קצת שונה מהמערכת האזרחית, ולכן יש סדרה של כשלים בסיסיים שצריך לזכור וללמוד להתמודד איתם: החיילים הם אנשים צעירים, שבאופן כללי ומבחינה סטטיסטית פחות חולים ולכן לא תמיד באמת מתייחסים לתלונותיהם. המערכת הצבאית מושתת לרוב על רופאים צעירים, בדרך כלל עתודאים, שאין להם הרבה ניסיון קליני, שהרבה פעמים מזדהים עם המטרות המבצעיות של הצבא, שלפעמים חושבים שהחיילים "משקרים" כדי להתחמק ולהשיג גימלים, שאין להם ברוב המקרים רופא בכיר בשטח להתייעץ איתו, ושאין להם בדיקות מעבדה או בדיקות הדמיה בכל סיטואציה. בנוסף, כדאי ומומלץ שהחייל יביא איתו את כל המידע הרפואי שנאסף עליו עד גיל 18 אצל גורמי הרפואה האזרחיים.

גם חייל שנגרם לו נזק בשל רשלנות רפואית במהלך שירותו הצבאי וכבר הספיק להשתחרר מצה"ל, צריך לפנות לקצין התגמולים ולא יכול לפנות ישירות לבית משפט אזרחי, זאת מאחר שלמדינה, ובמקרה הזה לצבא, יש חסינות מפני תביעות, ולכן גם אם הוא רוצה לתבוע את בית החולים שבו אירע מקרה הרשלנות הרפואית עדיין הוא יהיה צריך לנהל את המקרה על ידי הגשת תביעה למשרד הביטחון והתמודדות עם חוק הנכים.

יש לזכור, שבעוד שתביעות אזרחיות על רשלנות רפואית מתיישנות לאחר 7 שנים מיום קרות האירוע, תביעה לפי חוק הנכים מתיישנת בתוך 3 שנים לאחר שחרורו של החייל מהמסגרת הצבאית.